A 2007. október 17-i első magyar-szlovén együttes kormányülésen került aláírásra a helyi és regionális hatóságok közötti határ menti együttműködés előmozdításáról szóló Megállapodás, majd kétéves előkészítés után 2009 novemberben megalakult a Vegyes Bizottság.
A Magyarország-Szlovénia Határon Átívelő Vegyes Bizottság 2009. november 26-án tartotta alakuló ülését a szlovéniai Lendván. A Bizottság évente ülésezik, rotációs formában. A Bizottság célja a helyi és területi önkormányzatok és közigazgatási szervek közötti határ menti együttműködések segítése, az információcsere. A Bizottság tevékenysége során feltárja azokat a jogi és adminisztratív akadályokat, melyek a határ mindkét oldalán problémát okoznak. A térségi együttműködés előmozdítása kiterjed a gazdasági, kulturális, turisztikai, környezetvédelmi, közlekedési, munkaerőpiaci kapcsolatok fejlesztésére is.
A Bizottság munkája a következő együttműködési területekre fókuszál:
Az elért eredmények között említendő a sikeres közreműködés a magyar és szlovén részvétellel létrejött ETT-k (Pannon ETT, MURABA ETT) alapításában.
Az elmúlt időszakban létrejött fontos kezdeményezés a Nyugat-Pannon Járműipari és Mechatronikai Központ. Az Őrségi Nemzeti Park és a Goričko Tájvédelmi Park együttműködése hosszabb ideje sikeresen működik, a felek célja az ausztriai Raab Natur Park bevonása a közös munkába.
A magyar tagozat elnöke Kalmár Ferenc, Magyarország szomszédságpolitikájának fejlesztéséért felelős miniszteri biztosa, szlovén partnere Gorazd Zmavc, a Szlovén Köztársaság a határon túl és a diaszpórában élő szlovénekért felelős kormányhivatal minisztere.
A magyar tagozatba a képviselőket az alábbi szervezetek delegálják:
A Magyarország-Szlovénia Határon Átívelő Vegyes Bizottság alapszabálya innen tölthető le.