2012 folyamán megkezdődött a Magyarország és Szlovákia között a jövőben megvalósuló Határon Átnyúló Együttműködési Program előkészítése is. A 2012. november 21-i pozsonyi első munkacsoporti ülésen a tagok, a határszakasz magyar oldali megyéi (Győr-Moson-Sopron, Komárom-Esztergom, Pest, Heves, Nógrád, Borsod-Abaúj-Zemplén, Szabolcs-Szatmár-Bereg megye) és szlovák oldali kerületei (Banská Bystrica, Bratislava, Košice, Nitra, Trnava), valamint a szaktárcák (Miniszterelnökség, Nemzetgazdasági Minisztérium, Közigazgatási és Igazságügyi Minisztérium és a szlovák Földművelésügyi és Vidékfejlesztési Minisztérium) elfogadták működésük kereteit és a tervezés alapelveit.

(Az állandó tagokon kívül, amennyiben a tervezési munkacsoport üléseinek meghatározott napirendi pontjai érintik az egyes más szaktárcák szakterületeit, úgy ők is meghívást kapnak a tanácskozásokra, melyeken tanácsadói státusszal rendelkeznek.)

Már 2013 márciusában megkezdődött a közös gondolkodás a program tematikus célkitűzéseiről, mely folyamán kiderült, hogy a hosszú határszakasz ellenére is a szlovák és magyar fél elképzelései hasonlóak a határ menti fejlesztésekre vonatkozóan.

A tervezési folyamat következő lépéseként sikeresen kiválasztásra kerültek az Operatív Program kidolgozásáért és a program előzetes értékeléséért, valamint a stratégiai környezeti vizsgálatáért felelős külső szakértők. A tervezési tevékenységet érintő kérdések tárgyalása során a szakértők megállapodtak az ún. kohézió alapú integrált stratégiai tervezés elvét követik, melynek alapján összességében vizsgálják a programtérséget területi, gazdasági és szociális kohézióját.

Az OP és Ex-ante/SKV szakértők Indító jelentése az észrevételek befogadását követően írásos eljárás keretében elfogadásra került. A programozás időbeli ütemezésének megfelelően, 2013. decemberig elkészült az első OP tervezetet, mely alapjául a szakértő konzorcium által szervezett tematikus workshopok, és interjúk eredményei szolgáltak. Céljuk a programot érintő területi/megyei igények felmérése volt.

A program jelenlegi tervezési szakaszában elfogadásra kerültek nem csupán a programban szereplő tematikus célkitűzések, hanem az egyes TO-k alá tartozó beruházási prioritásokról is. Az elfogadott tematikus célkitűzések a következők: - 3.- a kis- és középvállalkozások versenyképességének javítása - 6. - környezetvédelem és az erőforrások hatékonyságának elősegítése - 7. - a fenntartható közlekedés elősegítése és a kulcsfontosságú hálózati infrastruktúrák előtti akadályok elhárítása - 8. - a foglalkoztatás és a munkavállalói mobilitás ösztönzése - 11. - az intézményi kapacitások és a közigazgatás hatékonyságának fokozása

Egyelőre nyitott kérdés maradt a kis- és középvállalkozások programból való közvetlen támogatása, a szociogazdasági szervezetek projekt megvalósításba való bevonása, valamint a mikroprojektek programba való beépítése.